Celé územie patrí do povodia rieky Oravy (tok III. rádu) a k základným nižším povodiam potokov Polhoranky a Veselovianka. Na niektorých miestach je výskyt prameňov síce hojný, ale všetky sú malé a mnohé z nich vysychajú. V dôsledku uvedeného vo flyšových pásmach veľmi kolíšu prietoky vody v tokoch a aj pri kratších vysokých zrážkach sú prietoky extrémne vysoké, v suchých obdobiach naopak voda chýba. Ak sa však pozrieme na súčasný spôsob využitia krajiny v oblasti Sihelného, zistíme, že na veľkej ploche je krajina súvisle odlesnená a poľnohospodársky využívaná, čo má negatívny dopad na i tak nepriaznivé hydrologické pomery. Najvýznamnejsím tokom katastra Sihelného je Sihelniansky potok. Dôležitým je i tok Dlhá voda, prameniaci mimo katastrálneho územia – pod Pilskom. Oba vtekajú do Polhoranky. Zaujímavosťou je, že malá časť vôd z územia je odvádzaná úplne iným smerom (na juh), potôčkom Mútnik do Veselovianky.
